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TE
2024-04-29 1546 字 4 分钟

TE

全基因组重测序数据鉴定4个群体群体特异性酶切标签序列 1、准备pear软件组装的重测序数据（将双端变为单端） 输入：sample_clean_1.fastq.gz、sample_clean_2.fastq.gz
GWAS_1
2023-11-26 589 字 2 分钟

GWAS_1

基因型数据：WGS数据首先经过bwa比对、samtools排序、GATK Call SNP 和vcftools等程序过滤，最后只要提取出SNP位点进行后续的GWAS分析。芯片数据我不太熟悉，但是应该是类似数据，但是可能中间多一步基因型填充用于填补缺失的基因型。由于做的是非模式生物的，所以vcf注释采用的是snpEFF进行注释。首先build构建好注释用的索引，然后java一下运行一下注释，这一步主要是为了将SNP位点与基因对应，每个有注释的SNP位点都应该在某个基因的内含子区域或者5-端上游或者3-端下游等区域。最后使用一个python脚本（网上大佬的）将ID替换成染色体_position，得 …
群体遗传学笔记（七） 基因流分析
2023-02-23 2172 字 5 分钟

群体遗传学笔记（七） 基因流分析

在群体遗传学上，**基因流（也称基因迁移）**是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗 传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变 异一个非常重要的来源，影响群体遗传多样性，产生新的性状组合。基因流会减少种群之间的差 异。
群体遗传进化分析笔记（六） 种群历史动态分析
2023-02-19 755 字 2 分钟

群体遗传进化分析笔记（六） 种群历史动态分析

种群历史动态分析主要是为了理解种群的进化历史，所利用的数据是重测序数据经过与参考基因组比对过的bam文件进行后续的分析与计算。基本原理是：由于重组的存在，基因组被打断成许多小的片段，利用高深度重测序数据，我们可以找出这些小片段上的变异位点，进而可以推断这些小片段之间的最近共祖时间（the time since the most recent common ancestor，TMRCA）。有的片段之间相似度高，最近共祖时间比较短，有的片段之期差异度比较高，最近共祖时间就比较长。计算基因组各个片段的最近共祖时间，就可以得到最近共祖时间的分布。而最近共祖时间的分布情况包含群体大小随着时间的推移变化信 …
关于如何在github上自动部署hugo博客的一些记录
2023-02-16 1438 字 3 分钟

关于如何在github上自动部署hugo博客的一些记录

之前一直是在本地进行hugo博客推送，有时候真的手贱，然后，我的配置文件就全被我搞乱了，然后又没有备份，只能一个个重新修改，真的好烦，所以在网上找了好些教程，总算把我自己的博客源码放在了github并且自动部署hugo博客，下面是我自己的一些操作流程。
群体遗传进化学学习笔记（五）选择清除分析运行实操
2023-02-14 1521 字 4 分钟

群体遗传进化学学习笔记（五）选择清除分析运行实操

从群体遗传学的各个概念，到群体遗传学结构分析的各个步骤，可以看出，这些值的计算基本都是基于vcf文件，因此重测序分析的学习也很重要，不过既然我们已经有了vcf文件，那么本篇实操一下选择清除分析的流程，当然，还是用基因组学大讲堂的流程，但是我在运行过程中也发现了一些脚本需要修改一下才能正确显示出图。
群体遗传学学习笔记（四） 关于群体结构STRCTURE的一些分析实操记录
2023-02-13 884 字 2 分钟

群体遗传学学习笔记（四） 关于群体结构STRCTURE的一些分析实操记录

接着我们上次做的PCA分析，可以看到，每个不同的分析都是放在不同的文件夹下进行，这次做两个分析，一个是admixture群体结构分析，一个是LD连锁不平衡分析，关于这两个分析代表的含义，admixture主要是对群体进行亚分类，看看k值设定不同的情况下，不同亚类的分布情况，LD连锁不平衡分析则是用来判断群体进化过程中的受选择程度，其计算主要基于连锁群中等位基因的频率，LD，当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibrium）。
群体遗传进化分析笔记（三） 关于群体选择消除分析的一些概念知识
2023-02-12 2388 字 5 分钟

群体遗传进化分析笔记（三） 关于群体选择消除分析的一些概念知识

选择清除分析（select sweep）是我们研究群体进化过程中哪些突变有利哪些突变受筛选的一种有效的分析方式，帮助我们筛选一些群体突变基因。总之，当一个有利突变发生后，这个突变基因的适合度越高，就越容易被选择固定。当这个基因被快速固定之后，与此基因座连锁的染色体区域，由于搭车效应也被固定下来，大片紧密连锁的染色体区域因此失去多态性，这种由于搭车效应引起多态性下降的现象，遗传上称为选择清除。
群体遗传进化分析笔记（二）
2023-02-11 1125 字 3 分钟

群体遗传进化分析笔记（二）

本篇为跟着组学大讲堂的群体遗传学课程的跟练记录，上一篇记录了相关分析背景知识，因此这一篇来实操一下。 原始数据目录结构 接下来进行一些环境变量的赋值方便后续分析
群体遗传进化分析笔记（一）
2023-02-11 1179 字 3 分钟

群体遗传进化分析笔记（一）

群体遗传学涉及几个进化学说，包括中性学说、正选择vs负选择这些，传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。近些年来群体遗传进化研究方向主要包括驯化机制、 适应性进化、 种群历史等方向